Гефсимания находится на востоке Иерусалима, в русле ручья Кедрон, известного также под библейским названием долина Иосафат. Начинаясь в Иерусалиме, он протекает через Иудейскую пустыню, огибает Лавру Св. Саввы и впадает в Мёртвое море. Согласно христианской традиции, в ручье Кедрон, именно в районе Гефсимании, произойдёт страшный суд. Эта традиция имеет отношение к имени Иосафат, происходящего от ивритского Яхве-Шафот, означающее бог судит (Иоил. 3, 2).

Гефсимания, согласно создателям Евангелия (Матф. 26, 36. Марк. 14,32. Лук. 22, 39. Иоан. 18) связывается с молитвой Христа перед крестом, предательством Иуды и арестом Иисуса. Другими словами, отсюда начались Страсти и Крестный путь Богочеловека.

В четвёртом веке события Страстей и Предсмертной молитвы Иисуса были зафиксированы топографически и признаны местами паломничества и культовыми центрами.

На месте предсмертной молитвы Иисуса в годы правления императора Феодосия Великого (378-395 гг.) была возведена христианская базилика, развалины которой можно видеть и сегодня внутри современной католической церкви Всех Наций (или Церкви Страстей Иисусовых).

Масличные деревья, окружающие район сегодня, существовали и в древности, откуда и произошло название Гефсимании, означающее на иврите перетирание маслин.

Существует поверье, что многие из сегодняшних масличных деревьев — ровесники времён Христа.