Здание возведённое Константином Мономахом, не базирующееся на плане древнего Храма, не могло, конечно, вернуть ему первоначальный блеск и величие. Круглая постройка Ротонда сохранилась почти нетронутой, однако, другие места паломничества преобразовались в маленькие изолированные часовни без какой-либо внутренней связи между ними. Идея соединения отдельных часовен в единое здание принадлежит крестоносцам, захватившим Иерусалим в 1099 г. План Храма крестоносцев, в общем, сохранился и сегодня, за исключением некоторых поправок и изменений, сделанных позднее. Одно из самых значительных изменений произошло в 1810 г., когда Балдахин крестоносцев, сгоревший при пожаре, был заменён на современный, сооружённый греческим архитектором КомниносомМитилинским.

В начале двадцатого века, и в особенности, после землетрясения 1927 г., состояние Храма резко ухудшилось и потребовало немедленного вмешательства для его спасения от окончательного разрушения. Лишь в 1958 г. три главные церкви: греческая православная, католическая и армянская пришли к единому соглашению по восстановительным работам для сохранения памятника, которые продолжаются и по сей день.